The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
Houriiyah
Tegally
;
James E
San
;
Matthew
Cotten
;
Monika
Moir
;
Bryan
Tegomoh
;
Gerald
Mboowa
;
Darren P
Martin
;
Cheryl
Baxter
;
Arnold W
Lambisia
;
Amadou
Diallo
;
+392 more...
Daniel G
Amoako
;
Moussa M
Diagne
;
Abay
Sisay
;
Abdel-Rahman N
Zekri
;
Abdou Salam
Gueye
;
Abdoul K
Sangare
;
Abdoul-Salam
Ouedraogo
;
Abdourahmane
Sow
;
Abdualmoniem O
Musa
;
Abdul K
Sesay
;
Abe G
Abias
;
Adam I
Elzagheid
;
Adamou
Lagare
;
Adedotun-Sulaiman
Kemi
;
Aden Elmi
Abar
;
Adeniji A
Johnson
;
Adeola
Fowotade
;
Adeyemi O
Oluwapelumi
;
Adrienne A
Amuri
;
Agnes
Juru
;
Ahmed
Kandeil
;
Ahmed
Mostafa
;
Ahmed
Rebai
;
Ahmed
Sayed
;
Akano
Kazeem
;
Aladje
Balde
;
Alan
Christoffels
;
Alexander J
Trotter
;
Allan
Campbell
;
Alpha K
Keita
;
Amadou
Kone
;
Amal
Bouzid
;
Amal
Souissi
;
Ambrose
Agweyu
;
Amel
Naguib
;
Ana V
Gutierrez
;
Anatole
Nkeshimana
;
Andrew J
Page
;
Anges
Yadouleton
;
Anika
Vinze
;
Anise N
Happi
;
Anissa
Chouikha
;
Arash
Iranzadeh
;
Arisha
Maharaj
;
Armel L
Batchi-Bouyou
;
Arshad
Ismail
;
Augustina A
Sylverken
;
Augustine
Goba
;
Ayoade
Femi
;
Ayotunde E
Sijuwola
;
Baba
Marycelin
;
Babatunde L
Salako
;
Bamidele S
Oderinde
;
Bankole
Bolajoko
;
Bassirou
Diarra
;
Belinda L
Herring
;
Benjamin
Tsofa
;
Bernard
Lekana-Douki
;
Bernard
Mvula
;
Berthe-Marie
Njanpop-Lafourcade
;
Blessing T
Marondera
;
Bouh Abdi
Khaireh
;
Bourema
Kouriba
;
Bright
Adu
;
Brigitte
Pool
;
Bronwyn
McInnis
;
Cara
Brook
;
Carolyn
Williamson
;
Cassien
Nduwimana
;
Catherine
Anscombe
;
Catherine B
Pratt
;
Cathrine
Scheepers
;
Chantal G
Akoua-Koffi
;
Charles N
Agoti
;
Chastel M
Mapanguy
;
Cheikh
Loucoubar
;
Chika K
Onwuamah
;
Chikwe
Ihekweazu
;
Christian N
Malaka
;
Christophe
Peyrefitte
;
Chukwa
Grace
;
Chukwuma E
Omoruyi
;
Clotaire D
Rafaï
;
Collins M
Morang'a
;
Cyril
Erameh
;
Daniel B
Lule
;
Daniel J
Bridges
;
Daniel
Mukadi-Bamuleka
;
Danny
Park
;
David A
Rasmussen
;
David
Baker
;
David J
Nokes
;
Deogratius
Ssemwanga
;
Derek
Tshiabuila
;
Dominic SY
Amuzu
;
Dominique
Goedhals
;
Donald S
Grant
;
Donwilliams O
Omuoyo
;
Dorcas
Maruapula
;
Dorcas W
Wanjohi
;
Ebenezer
Foster-Nyarko
;
Eddy K
Lusamaki
;
Edgar
Simulundu
;
Edidah M
Ong'era
;
Edith N
Ngabana
;
Edward O
Abworo
;
Edward
Otieno
;
Edwin
Shumba
;
Edwine
Barasa
;
El Bara
Ahmed
;
Elhadi A
Ahmed
;
Emmanuel
Lokilo
;
Enatha
Mukantwari
;
Eromon
Philomena
;
Essia
Belarbi
;
Etienne
Simon-Loriere
;
Etilé A
Anoh
;
Eusebio
Manuel
;
Fabian
Leendertz
;
Fahn M
Taweh
;
Fares
Wasfi
;
Fatma
Abdelmoula
;
Faustinos T
Takawira
;
Fawzi
Derrar
;
Fehintola V
Ajogbasile
;
Florette
Treurnicht
;
Folarin
Onikepe
;
Francine
Ntoumi
;
Francisca M
Muyembe
;
Frank EZ
Ragomzingba
;
Fred A
Dratibi
;
Fred-Akintunwa
Iyanu
;
Gabriel K
Mbunsu
;
Gaetan
Thilliez
;
Gemma L
Kay
;
George O
Akpede
;
Gert U
van Zyl
;
Gordon A
Awandare
;
Grace S
Kpeli
;
Grit
Schubert
;
Gugu P
Maphalala
;
Hafaliana C
Ranaivoson
;
Hannah E
Omunakwe
;
Harris
Onywera
;
Haruka
Abe
;
Hela
Karray
;
Hellen
Nansumba
;
Henda
Triki
;
Herve Albéric Adje
Kadjo
;
Hesham
Elgahzaly
;
Hlanai
Gumbo
;
Hota
Mathieu
;
Hugo
Kavunga-Membo
;
Ibtihel
Smeti
;
Idowu B
Olawoye
;
Ifedayo MO
Adetifa
;
Ikponmwosa
Odia
;
Ilhem Boutiba
Ben Boubaker
;
Iluoreh Ahmed
Muhammad
;
Isaac
Ssewanyana
;
Isatta
Wurie
;
Iyaloo S
Konstantinus
;
Jacqueline Wemboo Afiwa
Halatoko
;
James
Ayei
;
Janaki
Sonoo
;
Jean-Claude C
Makangara
;
Jean-Jacques M
Tamfum
;
Jean-Michel
Heraud
;
Jeffrey G
Shaffer
;
Jennifer
Giandhari
;
Jennifer
Musyoki
;
Jerome
Nkurunziza
;
Jessica N
Uwanibe
;
Jinal N
Bhiman
;
Jiro
Yasuda
;
Joana
Morais
;
Jocelyn
Kiconco
;
John D
Sandi
;
John
Huddleston
;
John K
Odoom
;
John M
Morobe
;
John O
Gyapong
;
John T
Kayiwa
;
Johnson C
Okolie
;
Joicymara S
Xavier
;
Jones
Gyamfi
;
Joseph F
Wamala
;
Joseph HK
Bonney
;
Joseph
Nyandwi
;
Josie
Everatt
;
Joweria
Nakaseegu
;
Joyce M
Ngoi
;
Joyce
Namulondo
;
Judith U
Oguzie
;
Julia C
Andeko
;
Julius J
Lutwama
;
Juma JH
Mogga
;
Justin
O'Grady
;
Katherine J
Siddle
;
Kathleen
Victoir
;
Kayode T
Adeyemi
;
Kefentse A
Tumedi
;
Kevin S
Carvalho
;
Khadija Said
Mohammed
;
Koussay
Dellagi
;
Kunda G
Musonda
;
Kwabena O
Duedu
;
Lamia
Fki-Berrajah
;
Lavanya
Singh
;
Lenora M
Kepler
;
Leon
Biscornet
;
Leonardo
de Oliveira Martins
;
Lucious
Chabuka
;
Luicer
Olubayo
;
Lul Deng
Ojok
;
Lul Lojok
Deng
;
Lynette I
Ochola-Oyier
;
Lynn
Tyers
;
Madisa
Mine
;
Magalutcheemee
Ramuth
;
Maha
Mastouri
;
Mahmoud
ElHefnawi
;
Maimouna
Mbanne
;
Maitshwarelo I
Matsheka
;
Malebogo
Kebabonye
;
Mamadou
Diop
;
Mambu
Momoh
;
Maria da Luz
Lima Mendonça
;
Marietjie
Venter
;
Marietou F
Paye
;
Martin
Faye
;
Martin M
Nyaga
;
Mathabo
Mareka
;
Matoke-Muhia
Damaris
;
Maureen W
Mburu
;
Maximillian G
Mpina
;
Michael
Owusu
;
Michael R
Wiley
;
Mirabeau Y
Tatfeng
;
Mitoha Ondo'o
Ayekaba
;
Mohamed
Abouelhoda
;
Mohamed Amine
Beloufa
;
Mohamed G
Seadawy
;
Mohamed K
Khalifa
;
Mooko Marethabile
Matobo
;
Mouhamed
Kane
;
Mounerou
Salou
;
Mphaphi B
Mbulawa
;
Mulenga
Mwenda
;
Mushal
Allam
;
My VT
Phan
;
Nabil
Abid
;
Nadine
Rujeni
;
Nadir
Abuzaid
;
Nalia
Ismael
;
Nancy
Elguindy
;
Ndeye Marieme
Top
;
Ndongo
Dia
;
Nédio
Mabunda
;
Nei-Yuan
Hsiao
;
Nelson Boricó
Silochi
;
Ngiambudulu M
Francisco
;
Ngonda
Saasa
;
Nicholas
Bbosa
;
Nickson
Murunga
;
Nicksy
Gumede
;
Nicole
Wolter
;
Nikita
Sitharam
;
Nnaemeka
Ndodo
;
Nnennaya A
Ajayi
;
Noël
Tordo
;
Nokuzola
Mbhele
;
Norosoa H
Razanajatovo
;
Nosamiefan
Iguosadolo
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Nwando
Mba
;
Ojide C
Kingsley
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Okogbenin
Sylvanus
;
Oladiji
Femi
;
Olubusuyi M
Adewumi
;
Olumade
Testimony
;
Olusola A
Ogunsanya
;
Oluwatosin
Fakayode
;
Onwe E
Ogah
;
Ope-Ewe
Oludayo
;
Ousmane
Faye
;
Pamela
Smith-Lawrence
;
Pascale
Ondoa
;
Patrice
Combe
;
Patricia
Nabisubi
;
Patrick
Semanda
;
Paul E
Oluniyi
;
Paulo
Arnaldo
;
Peter Kojo
Quashie
;
Peter O
Okokhere
;
Philip
Bejon
;
Philippe
Dussart
;
Phillip A
Bester
;
Placide K
Mbala
;
Pontiano
Kaleebu
;
Priscilla
Abechi
;
Rabeh
El-Shesheny
;
Rageema
Joseph
;
Ramy Karam
Aziz
;
René G
Essomba
;
Reuben
Ayivor-Djanie
;
Richard
Njouom
;
Richard O
Phillips
;
Richmond
Gorman
;
Robert A
Kingsley
;
Rosa Maria DESA
Neto Rodrigues
;
Rosemary A
Audu
;
Rosina AA
Carr
;
Saba
Gargouri
;
Saber
Masmoudi
;
Sacha
Bootsma
;
Safietou
Sankhe
;
Sahra Isse
Mohamed
;
Saibu
Femi
;
Salma
Mhalla
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Salome
Hosch
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Samar Kamal
Kassim
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Samar
Metha
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Sameh
Trabelsi
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Sara Hassan
Agwa
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Sarah Wambui
Mwangi
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Seydou
Doumbia
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Sheila
Makiala-Mandanda
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Sherihane
Aryeetey
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Shymaa S
Ahmed
;
Side Mohamed
Ahmed
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Siham
Elhamoumi
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Sikhulile
Moyo
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Silvia
Lutucuta
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Simani
Gaseitsiwe
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Simbirie
Jalloh
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Soa Fy
Andriamandimby
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Sobajo
Oguntope
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Solène
Grayo
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Sonia
Lekana-Douki
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Sophie
Prosolek
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Soumeya
Ouangraoua
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Stephanie
van Wyk
;
Stephen F
Schaffner
;
Stephen
Kanyerezi
;
Steve
Ahuka-Mundeke
;
Steven
Rudder
;
Sureshnee
Pillay
;
Susan
Nabadda
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Sylvie
Behillil
;
Sylvie L
Budiaki
;
Sylvie
van der Werf
;
Tapfumanei
Mashe
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Thabo
Mohale
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Thanh
Le-Viet
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Thirumalaisamy P
Velavan
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Tobias
Schindler
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Tongai G
Maponga
;
Trevor
Bedford
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Ugochukwu J
Anyaneji
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Ugwu
Chinedu
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Upasana
Ramphal
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Uwem E
George
;
Vincent
Enouf
;
Vishvanath
Nene
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Vivianne
Gorova
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Wael H
Roshdy
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Wasim Abdul
Karim
;
William K
Ampofo
;
Wolfgang
Preiser
;
Wonderful T
Choga
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Yahaya Ali
Ahmed
;
Yajna
Ramphal
;
Yaw
Bediako
;
Yeshnee
Naidoo
;
Yvan
Butera
;
Zaydah R
de Laurent
;
Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI)‡
;
Ahmed EO
Ouma
;
Anne
von Gottberg
;
George
Githinji
;
Matshidiso
Moeti
;
Oyewale
Tomori
;
Pardis C
Sabeti
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Amadou A
Sall
;
Samuel O
Oyola
;
Yenew K
Tebeje
;
Sofonias K
Tessema
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Tulio
de Oliveira
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Christian
Happi
;
Richard
Lessells
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John
Nkengasong
;
Eduan
Wilkinson
;
(2022)
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
Science, 378 (6615).
eabq5358-.
ISSN 0036-8075
DOI: 10.1126/science.abq5358
;
James E
San
;
Matthew
Cotten
;
Monika
Moir
;
Bryan
Tegomoh
;
Gerald
Mboowa
;
Darren P
Martin
;
Cheryl
Baxter
;
Arnold W
Lambisia
;
Amadou
Diallo
;
+392 more...
Daniel G
Amoako
;
Moussa M
Diagne
;
Abay
Sisay
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Abdel-Rahman N
Zekri
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Abdou Salam
Gueye
;
Abdoul K
Sangare
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Abdoul-Salam
Ouedraogo
;
Abdourahmane
Sow
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Abdualmoniem O
Musa
;
Abdul K
Sesay
;
Abe G
Abias
;
Adam I
Elzagheid
;
Adamou
Lagare
;
Adedotun-Sulaiman
Kemi
;
Aden Elmi
Abar
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Adeniji A
Johnson
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Adeola
Fowotade
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Adeyemi O
Oluwapelumi
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Adrienne A
Amuri
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Agnes
Juru
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Ahmed
Kandeil
;
Ahmed
Mostafa
;
Ahmed
Rebai
;
Ahmed
Sayed
;
Akano
Kazeem
;
Aladje
Balde
;
Alan
Christoffels
;
Alexander J
Trotter
;
Allan
Campbell
;
Alpha K
Keita
;
Amadou
Kone
;
Amal
Bouzid
;
Amal
Souissi
;
Ambrose
Agweyu
;
Amel
Naguib
;
Ana V
Gutierrez
;
Anatole
Nkeshimana
;
Andrew J
Page
;
Anges
Yadouleton
;
Anika
Vinze
;
Anise N
Happi
;
Anissa
Chouikha
;
Arash
Iranzadeh
;
Arisha
Maharaj
;
Armel L
Batchi-Bouyou
;
Arshad
Ismail
;
Augustina A
Sylverken
;
Augustine
Goba
;
Ayoade
Femi
;
Ayotunde E
Sijuwola
;
Baba
Marycelin
;
Babatunde L
Salako
;
Bamidele S
Oderinde
;
Bankole
Bolajoko
;
Bassirou
Diarra
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Belinda L
Herring
;
Benjamin
Tsofa
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Bernard
Lekana-Douki
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Bernard
Mvula
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Berthe-Marie
Njanpop-Lafourcade
;
Blessing T
Marondera
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Bouh Abdi
Khaireh
;
Bourema
Kouriba
;
Bright
Adu
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Brigitte
Pool
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Bronwyn
McInnis
;
Cara
Brook
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Carolyn
Williamson
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Cassien
Nduwimana
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Catherine
Anscombe
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Catherine B
Pratt
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Cathrine
Scheepers
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Chantal G
Akoua-Koffi
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Charles N
Agoti
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Chastel M
Mapanguy
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Cheikh
Loucoubar
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Chika K
Onwuamah
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Chikwe
Ihekweazu
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Christian N
Malaka
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Peyrefitte
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Chukwa
Grace
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Omoruyi
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Clotaire D
Rafaï
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Collins M
Morang'a
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Cyril
Erameh
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Daniel B
Lule
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Daniel J
Bridges
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Daniel
Mukadi-Bamuleka
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Danny
Park
;
David A
Rasmussen
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David
Baker
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David J
Nokes
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Deogratius
Ssemwanga
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Derek
Tshiabuila
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Dominic SY
Amuzu
;
Dominique
Goedhals
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Donald S
Grant
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Donwilliams O
Omuoyo
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Dorcas
Maruapula
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Dorcas W
Wanjohi
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Ebenezer
Foster-Nyarko
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Eddy K
Lusamaki
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Edgar
Simulundu
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Edidah M
Ong'era
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Edith N
Ngabana
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Edward O
Abworo
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Edward
Otieno
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Edwin
Shumba
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Edwine
Barasa
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El Bara
Ahmed
;
Elhadi A
Ahmed
;
Emmanuel
Lokilo
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Enatha
Mukantwari
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Eromon
Philomena
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Belarbi
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Etienne
Simon-Loriere
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Anoh
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Eusebio
Manuel
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Fabian
Leendertz
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Fahn M
Taweh
;
Fares
Wasfi
;
Fatma
Abdelmoula
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Faustinos T
Takawira
;
Fawzi
Derrar
;
Fehintola V
Ajogbasile
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Florette
Treurnicht
;
Folarin
Onikepe
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Francine
Ntoumi
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Francisca M
Muyembe
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Frank EZ
Ragomzingba
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Fred A
Dratibi
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Fred-Akintunwa
Iyanu
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Gabriel K
Mbunsu
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Gaetan
Thilliez
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Akpede
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Gert U
van Zyl
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Gordon A
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Grit
Schubert
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Gugu P
Maphalala
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Omunakwe
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Hellen
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Henda
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Kadjo
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Hesham
Elgahzaly
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Gumbo
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Mathieu
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Hugo
Kavunga-Membo
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Ibtihel
Smeti
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Idowu B
Olawoye
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Ifedayo MO
Adetifa
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Ikponmwosa
Odia
;
Ilhem Boutiba
Ben Boubaker
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Iluoreh Ahmed
Muhammad
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Isaac
Ssewanyana
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Isatta
Wurie
;
Iyaloo S
Konstantinus
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Jacqueline Wemboo Afiwa
Halatoko
;
James
Ayei
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Janaki
Sonoo
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Jean-Claude C
Makangara
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Jean-Jacques M
Tamfum
;
Jean-Michel
Heraud
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Jeffrey G
Shaffer
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Jennifer
Giandhari
;
Jennifer
Musyoki
;
Jerome
Nkurunziza
;
Jessica N
Uwanibe
;
Jinal N
Bhiman
;
Jiro
Yasuda
;
Joana
Morais
;
Jocelyn
Kiconco
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John D
Sandi
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John
Huddleston
;
John K
Odoom
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John M
Morobe
;
John O
Gyapong
;
John T
Kayiwa
;
Johnson C
Okolie
;
Joicymara S
Xavier
;
Jones
Gyamfi
;
Joseph F
Wamala
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Joseph HK
Bonney
;
Joseph
Nyandwi
;
Josie
Everatt
;
Joweria
Nakaseegu
;
Joyce M
Ngoi
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Joyce
Namulondo
;
Judith U
Oguzie
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Julia C
Andeko
;
Julius J
Lutwama
;
Juma JH
Mogga
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Justin
O'Grady
;
Katherine J
Siddle
;
Kathleen
Victoir
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Kayode T
Adeyemi
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Kefentse A
Tumedi
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Kevin S
Carvalho
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Khadija Said
Mohammed
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Koussay
Dellagi
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Kunda G
Musonda
;
Kwabena O
Duedu
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Lamia
Fki-Berrajah
;
Lavanya
Singh
;
Lenora M
Kepler
;
Leon
Biscornet
;
Leonardo
de Oliveira Martins
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Lucious
Chabuka
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Luicer
Olubayo
;
Lul Deng
Ojok
;
Lul Lojok
Deng
;
Lynette I
Ochola-Oyier
;
Lynn
Tyers
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Madisa
Mine
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Magalutcheemee
Ramuth
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Maha
Mastouri
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Mahmoud
ElHefnawi
;
Maimouna
Mbanne
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Maitshwarelo I
Matsheka
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Malebogo
Kebabonye
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Mamadou
Diop
;
Mambu
Momoh
;
Maria da Luz
Lima Mendonça
;
Marietjie
Venter
;
Marietou F
Paye
;
Martin
Faye
;
Martin M
Nyaga
;
Mathabo
Mareka
;
Matoke-Muhia
Damaris
;
Maureen W
Mburu
;
Maximillian G
Mpina
;
Michael
Owusu
;
Michael R
Wiley
;
Mirabeau Y
Tatfeng
;
Mitoha Ondo'o
Ayekaba
;
Mohamed
Abouelhoda
;
Mohamed Amine
Beloufa
;
Mohamed G
Seadawy
;
Mohamed K
Khalifa
;
Mooko Marethabile
Matobo
;
Mouhamed
Kane
;
Mounerou
Salou
;
Mphaphi B
Mbulawa
;
Mulenga
Mwenda
;
Mushal
Allam
;
My VT
Phan
;
Nabil
Abid
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Nadine
Rujeni
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Nadir
Abuzaid
;
Nalia
Ismael
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Nancy
Elguindy
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Ndeye Marieme
Top
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Ndongo
Dia
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Nédio
Mabunda
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Nei-Yuan
Hsiao
;
Nelson Boricó
Silochi
;
Ngiambudulu M
Francisco
;
Ngonda
Saasa
;
Nicholas
Bbosa
;
Nickson
Murunga
;
Nicksy
Gumede
;
Nicole
Wolter
;
Nikita
Sitharam
;
Nnaemeka
Ndodo
;
Nnennaya A
Ajayi
;
Noël
Tordo
;
Nokuzola
Mbhele
;
Norosoa H
Razanajatovo
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Iguosadolo
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Nwando
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Ojide C
Kingsley
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Sylvanus
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Oladiji
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Testimony
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Olusola A
Ogunsanya
;
Oluwatosin
Fakayode
;
Onwe E
Ogah
;
Ope-Ewe
Oludayo
;
Ousmane
Faye
;
Pamela
Smith-Lawrence
;
Pascale
Ondoa
;
Patrice
Combe
;
Patricia
Nabisubi
;
Patrick
Semanda
;
Paul E
Oluniyi
;
Paulo
Arnaldo
;
Peter Kojo
Quashie
;
Peter O
Okokhere
;
Philip
Bejon
;
Philippe
Dussart
;
Phillip A
Bester
;
Placide K
Mbala
;
Pontiano
Kaleebu
;
Priscilla
Abechi
;
Rabeh
El-Shesheny
;
Rageema
Joseph
;
Ramy Karam
Aziz
;
René G
Essomba
;
Reuben
Ayivor-Djanie
;
Richard
Njouom
;
Richard O
Phillips
;
Richmond
Gorman
;
Robert A
Kingsley
;
Rosa Maria DESA
Neto Rodrigues
;
Rosemary A
Audu
;
Rosina AA
Carr
;
Saba
Gargouri
;
Saber
Masmoudi
;
Sacha
Bootsma
;
Safietou
Sankhe
;
Sahra Isse
Mohamed
;
Saibu
Femi
;
Salma
Mhalla
;
Salome
Hosch
;
Samar Kamal
Kassim
;
Samar
Metha
;
Sameh
Trabelsi
;
Sara Hassan
Agwa
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Sarah Wambui
Mwangi
;
Seydou
Doumbia
;
Sheila
Makiala-Mandanda
;
Sherihane
Aryeetey
;
Shymaa S
Ahmed
;
Side Mohamed
Ahmed
;
Siham
Elhamoumi
;
Sikhulile
Moyo
;
Silvia
Lutucuta
;
Simani
Gaseitsiwe
;
Simbirie
Jalloh
;
Soa Fy
Andriamandimby
;
Sobajo
Oguntope
;
Solène
Grayo
;
Sonia
Lekana-Douki
;
Sophie
Prosolek
;
Soumeya
Ouangraoua
;
Stephanie
van Wyk
;
Stephen F
Schaffner
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Stephen
Kanyerezi
;
Steve
Ahuka-Mundeke
;
Steven
Rudder
;
Sureshnee
Pillay
;
Susan
Nabadda
;
Sylvie
Behillil
;
Sylvie L
Budiaki
;
Sylvie
van der Werf
;
Tapfumanei
Mashe
;
Thabo
Mohale
;
Thanh
Le-Viet
;
Thirumalaisamy P
Velavan
;
Tobias
Schindler
;
Tongai G
Maponga
;
Trevor
Bedford
;
Ugochukwu J
Anyaneji
;
Ugwu
Chinedu
;
Upasana
Ramphal
;
Uwem E
George
;
Vincent
Enouf
;
Vishvanath
Nene
;
Vivianne
Gorova
;
Wael H
Roshdy
;
Wasim Abdul
Karim
;
William K
Ampofo
;
Wolfgang
Preiser
;
Wonderful T
Choga
;
Yahaya Ali
Ahmed
;
Yajna
Ramphal
;
Yaw
Bediako
;
Yeshnee
Naidoo
;
Yvan
Butera
;
Zaydah R
de Laurent
;
Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI)‡
;
Ahmed EO
Ouma
;
Anne
von Gottberg
;
George
Githinji
;
Matshidiso
Moeti
;
Oyewale
Tomori
;
Pardis C
Sabeti
;
Amadou A
Sall
;
Samuel O
Oyola
;
Yenew K
Tebeje
;
Sofonias K
Tessema
;
Tulio
de Oliveira
;
Christian
Happi
;
Richard
Lessells
;
John
Nkengasong
;
Eduan
Wilkinson
;
(2022)
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
Science, 378 (6615).
eabq5358-.
ISSN 0036-8075
DOI: 10.1126/science.abq5358
Investment in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing in Africa over the past year has led to a major increase in the number of sequences that have been generated and used to track the pandemic on the continent, a number that now exceeds 100,000 genomes. Our results show an increase in the number of African countries that are able to sequence domestically and highlight that local sequencing enables faster turnaround times and more-regular routine surveillance. Despite limitations of low testing proportions, findings from this genomic surveillance study underscore the heterogeneous nature of the pandemic and illuminate the distinct dispersal dynamics of variants of concern-particularly Alpha, Beta, Delta, and Omicron-on the continent. Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve while the continent faces many emerging and reemerging infectious disease threats. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century.
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