A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.
Eduan
Wilkinson
;
Marta
Giovanetti
;
Houriiyah
Tegally
;
James E
San
;
Richard
Lessells
;
Diego
Cuadros
;
Darren P
Martin
;
David A
Rasmussen
;
Abdel-Rahman N
Zekri
;
Abdoul K
Sangare
;
+292 more...
Abdoul-Salam
Ouedraogo
;
Abdul K
Sesay
;
Abechi
Priscilla
;
Adedotun-Sulaiman
Kemi
;
Adewunmi M
Olubusuyi
;
Adeyemi OO
Oluwapelumi
;
Adnène
Hammami
;
Adrienne A
Amuri
;
Ahmad
Sayed
;
Ahmed EO
Ouma
;
Aida
Elargoubi
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Nnennaya A
Ajayi
;
Ajogbasile F
Victoria
;
Akano
Kazeem
;
Akpede
George
;
Alexander J
Trotter
;
Ali A
Yahaya
;
Alpha K
Keita
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Amadou
Diallo
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Amadou
Kone
;
Amal
Souissi
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Amel
Chtourou
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Ana V
Gutierrez
;
Andrew J
Page
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Anika
Vinze
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Arash
Iranzadeh
;
Arnold
Lambisia
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Arshad
Ismail
;
Audu
Rosemary
;
Augustina
Sylverken
;
Ayoade
Femi
;
Azeddine
Ibrahimi
;
Baba
Marycelin
;
Bamidele S
Oderinde
;
Bankole
Bolajoko
;
Beatrice
Dhaala
;
Belinda L
Herring
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Berthe-Marie
Njanpop-Lafourcade
;
Bronwyn
Kleinhans
;
Bronwyn
McInnis
;
Bryan
Tegomoh
;
Cara
Brook
;
Catherine B
Pratt
;
Cathrine
Scheepers
;
Chantal G
Akoua-Koffi
;
Charles N
Agoti
;
Christophe
Peyrefitte
;
Claudia
Daubenberger
;
Collins M
Morang'a
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D James
Nokes
;
Daniel G
Amoako
;
Daniel L
Bugembe
;
Danny
Park
;
David
Baker
;
Deelan
Doolabh
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Deogratius
Ssemwanga
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Derek
Tshiabuila
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Diarra
Bassirou
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Dominic SY
Amuzu
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Dominique
Goedhals
;
Donwilliams O
Omuoyo
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Dorcas
Maruapula
;
Ebenezer
Foster-Nyarko
;
Eddy K
Lusamaki
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Edgar
Simulundu
;
Edidah M
Ong'era
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Edith N
Ngabana
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Edwin
Shumba
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Elmostafa
El Fahime
;
Emmanuel
Lokilo
;
Enatha
Mukantwari
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Eromon
Philomena
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Essia
Belarbi
;
Etienne
Simon-Loriere
;
Etilé A
Anoh
;
Fabian
Leendertz
;
Faida
Ajili
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Fakayode O
Enoch
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Fares
Wasfi
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Fatma
Abdelmoula
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Fausta S
Mosha
;
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Takawira
;
Fawzi
Derrar
;
Feriel
Bouzid
;
Folarin
Onikepe
;
Fowotade
Adeola
;
Francisca M
Muyembe
;
Frank
Tanser
;
Fred A
Dratibi
;
Gabriel K
Mbunsu
;
Gaetan
Thilliez
;
Gemma L
Kay
;
George
Githinji
;
Gert
van Zyl
;
Gordon A
Awandare
;
Grit
Schubert
;
Gugu P
Maphalala
;
Hafaliana C
Ranaivoson
;
Hajar
Lemriss
;
Happi
Anise
;
Haruka
Abe
;
Hela H
Karray
;
Hellen
Nansumba
;
Hesham A
Elgahzaly
;
Hlanai
Gumbo
;
Ibtihel
Smeti
;
Ikhlas B
Ayed
;
Ikponmwosa
Odia
;
Ilhem Boutiba
Ben Boubaker
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Imed
Gaaloul
;
Inbal
Gazy
;
Innocent
Mudau
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Isaac
Ssewanyana
;
Iyaloo
Konstantinus
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Jean B
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Jean-Claude C
Makangara
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Jean-Jacques M
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Heraud
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Jennifer
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Li
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Joana Q
Mends
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Jocelyn
Kiconco
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John M
Morobe
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John O
Gyapong
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Johnson C
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John T
Kayiwa
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Ngoi
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Joyce
Namulondo
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Julia C
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Julius J
Lutwama
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Justin
O'Grady
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Katherine
Siddle
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Kayode T
Adeyemi
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Kefentse A
Tumedi
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Khadija M
Said
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Kim
Hae-Young
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Kwabena O
Duedu
;
Lahcen
Belyamani
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Lamia
Fki-Berrajah
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Lavanya
Singh
;
Leonardo de O
Martins
;
Lynn
Tyers
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Magalutcheemee
Ramuth
;
Maha
Mastouri
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Mahjoub
Aouni
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Mahmoud
El Hefnawi
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Maitshwarelo I
Matsheka
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Malebogo
Kebabonye
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Mamadou
Diop
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Manel
Turki
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Marietou
Paye
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Martin M
Nyaga
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Mathabo
Mareka
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Matoke-Muhia
Damaris
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Maureen W
Mburu
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Maximillian
Mpina
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Mba
Nwando
;
Michael
Owusu
;
Michael R
Wiley
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Mirabeau T
Youtchou
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Mitoha O
Ayekaba
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Mohamed
Abouelhoda
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Mohamed G
Seadawy
;
Mohamed K
Khalifa
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Mooko
Sekhele
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Mouna
Ouadghiri
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Moussa M
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Mulenga
Mwenda
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Mushal
Allam
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My VT
Phan
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Nabil
Abid
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Nadia
Touil
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Nadine
Rujeni
;
Najla
Kharrat
;
Nalia
Ismael
;
Ndongo
Dia
;
Nedio
Mabunda
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Nei-Yuan
Hsiao
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Nelson B
Silochi
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Ngoy
Nsenga
;
Nicksy
Gumede
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Mulder
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Nnaemeka
Ndodo
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Razanajatovo
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Nosamiefan
Iguosadolo
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Oguzie
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Kingsley
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Okogbenin
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Okokhere
Peter
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Oladiji
Femi
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Olawoye
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Olumade
Testimony
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Omoruyi E
Chukwuma
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Onwe E
Ogah
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Chika K
Onwuamah
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Oshomah
Cyril
;
Ousmane
Faye
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Oyewale
Tomori
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Pascale
Ondoa
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Patrice
Combe
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Patrick
Semanda
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Paul E
Oluniyi
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Paulo
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Peter K
Quashie
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Philippe
Dussart
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Phillip A
Bester
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Placide K
Mbala
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Ayivor-Djanie
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Richard
Njouom
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Richard O
Phillips
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Gargouri
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Saber
Masmoudi
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Safietou
Sankhe
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Lawal
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Kassim
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Samar
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Sami
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Mandanda
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Ahmed
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Tope
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Lekana-Douki
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Steven
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Sumir
Panji
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Sureshnee
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Susan
Engelbrecht
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Susan
Nabadda
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Sylvie
Behillil
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Sylvie L
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Sylvie
van der Werf
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Mashe
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Thabo
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Schindler
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Ugwu
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John
Nkengasong
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Tulio
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(2021)
A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.
Science, 374 (6566).
pp. 423-431.
ISSN 0036-8075
DOI: 10.1126/science.abj4336
;
Marta
Giovanetti
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Houriiyah
Tegally
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James E
San
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Lessells
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Cuadros
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A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.
Science, 374 (6566).
pp. 423-431.
ISSN 0036-8075
DOI: 10.1126/science.abj4336
The progression of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic in Africa has so far been heterogeneous, and the full impact is not yet well understood. In this study, we describe the genomic epidemiology using a dataset of 8746 genomes from 33 African countries and two overseas territories. We show that the epidemics in most countries were initiated by importations predominantly from Europe, which diminished after the early introduction of international travel restrictions. As the pandemic progressed, ongoing transmission in many countries and increasing mobility led to the emergence and spread within the continent of many variants of concern and interest, such as B.1.351, B.1.525, A.23.1, and C.1.1. Although distorted by low sampling numbers and blind spots, the findings highlight that Africa must not be left behind in the global pandemic response, otherwise it could become a source for new variants.
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