As anomalias congênitas (AC) configuram um relevante problema para a saúde pública global, afetando em média de 3% a 6% dos recém-nascidos em todo o mundo. No Brasil, ocupam a segunda posição entre os principais grupos de causas de óbito infantil. Assim, estudos amplos são necessários para mostrar o impacto das AC na saúde infantil. O presente estudo descreve a tendência temporal da prevalência e da mortalidade infantil por AC entre nascidos vivos (NV) no Brasil e em suas cinco regiões de 2001 a 2018, utilizando dados vinculados entre as bases de dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC) e do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM). A prevalência e mortalidade infantil por AC mostrou-se crescente no Brasil na maioria das regiões, principalmente no Norte e no Nordeste. Aquelas do aparelho osteomuscular foram as mais prevalentes ao nascimento (29,8/10.000 NV); as do aparelho circulatório passaram para a segunda posição (12,7/10.000 NV) após a vinculação das bases e representam a primeira causa de morte desse grupo. A técnica de vinculação de dados aplicada corrigiu a prevalência nacional das AC em 17,9% no período analisado, após serem recuperadas as AC notificadas no SIM, mostrando ser uma boa ferramenta para melhorar a qualidade das informações das AC.